Casi todas las plantas depuradoras construidas en la ría de Vigo presentan serias deficiencias en su funcionamiento, ya sea por incidencias puntuales o por la falta de un sistema terciario. Aunque todas contribuyen a contaminar el medio ambiente, en mayor o menor medida, la del Lagares se lleva la palma por su tamaño. Las instalaciones son insuficientes para tratar todas las aguas residuales que recibe, una situación que se prolonga desde su inauguración en el año 1997. Según estudios de la Consellería de Medio Ambiente, 166 millones de litros salen cada día directamente al mar en condiciones indeseables. Unos 46 millones de litros no reciben ningún tipo de tratamiento y los 120 restantes van cargados de bacterias coliformes. Los parámetros son 73 veces superiores a lo que permite la normativa comunitaria para zonas donde se crian moluscos.
La sentencia del Tribunal de Justicia de la Unión Europea que condenaba a España a reducir la contaminación de la ría de Vigo se hizo pública en diciembre del 2005. Han pasado cuatro años y medio y las administraciones siguen sin ponerse de acuerdo para impulsar una nueva planta que la Xunta vendió a Bruselas como solución definitiva.
En la ría hay más de medio millar de bateas de mejillón, cultivos de almeja, de berberechos y pesca de bajura. Todo ello en un entorno de 500.000 habitantes que viven en sus márgenes, un cóctel explosivo según los expertos.